Uważa się, że wielki pożar za czasów dynastii Qin zniszczył wszystkie oryginalne księgi na temat Feng Shui. Najbardziej wiarygodną pracą jest "Qing Nang Jing" przekazana przez Huang Shi Gong niejakiemu Zhang Liang w czasie trwania późnej Dynastii Qin. Za czasów Dynastii Tang Yang Yub Song napisał kilka ksiąg, które obecnie uznaje się za najważniejsze wśród ksiąg wszystkich szkół Feng Shui. Jednak te pozycje zostały zapisane zakodowanym językiem, bo właściwa wiedza pierwotnie przekazywana była ustnie. Duże znaczenie w interpretacji ma więc intuicja i wyczucie, co jest naturalne, a co nie.
Pochodzenie Feng Shui jako systemu datuje się na czasy dynastii Song (1126-1278). Wtedy współtworzył ją Chu Hsi pod dużym wpływem konfucjonizmu. W wieku XIX rząd Chin ragularnie publikował księgi ze znakami, diagramami i danymi numerycznymi stosowanymi w praktykach Feng Shui. W tym samym czasie dyskusja o właściwym stosowaniu Feng Shui została rozstrzygnięta poprzez wyroki sądu. Pochodzący z Zachodu komentatorzy chińskiej sztuki zwykle wykazywali się dużą nieufnością.
Eitel traces the origins of feng shui as a distinct belief system to Chu Hsi's writings and commentaries from the Song dynasty (1126-1278). Chu Hsi's thought greatly influenced Confucianism and became the foundation of feng shui. But, more broadly speaking, feng shui's roots go back to the origins of Chinese philosophy. In the 19th century, the Chinese government regularly published almanacs containing all the charts, diagrams, and numerical data used in feng shui practice. At the same time, disputes over the proper application of feng shui were resolved in official courts of law. When rebellious groups arose, an initial governmental response was often to desecrate the graves of the rebels' ancestors (see Use in burials, below). Early English-speaking settlers in China in the mid-19th century reportedly ran into difficulties sparked by feng shui. Much like modern landowners having problems with building codes, these settlers had trouble in construction and renovation because their proposals did not conform to feng shui principles. Further, when unwanted foreigners tried to purchase land, they would be directed to spots with topographies causing very bad feng shui. This happened, for instance, to the English consul who, when demanding land, was ceded the island of Sha-meen on a mud flat on the Canton river. The houses were overrun by termites. Early Western commentators on feng shui were often skeptical and derogatory. A typical one in 1885 wrote "if any one wishes to see to what a howling wilderness of erratic dogmatism the human mind can arrive, when speculation usurps the place of science, and theories are reverenced equally with facts, let him endeavour to fathom even the elementary principles of that abyss of insane vagaries, the science of Feng-Shui." Others noted that, while naive as a science, it is more accurate than some Western mythologies. Some scholars have noted that the general guidelines of feng shui have been followed across times and cultures using different languages and with different justifications.